Sujet de stage Master 2 Recherche à Marseille, 2011

Recherche d’agents d’activation en chimie prébiotique: élongation C-terminale d’oligopeptides

La thématique au sein de laquelle évoluera le stagiaire concerne la réactivité chimique qui a pu se dérouler sur la Terre Primitive, sur une période allant de la formation de la Terre jusqu’à l’apparition des premiers systèmes qualifiés de biologiques. En se basant sur des modèles théoriques permettant de définir les conditions chimiques, de température et de pH qui pouvaient prévaloir sur la Terre Primitive, les chimistes tentent de mettre en évidence des systèmes réactionnels menant à la formation d’oligopeptides et d’acides nucléiques, systèmes qui pourront évoluer par là suite vers des systèmes chimiques hors équilibre, préludes aux premiers systèmes auto-organisés. Dans cette optique, un de nos objectifs est de mettre en évidence de nouvelles voies d’oligomérisation peptidique dans des conditions de température et de pH proche de celles qui auraient pu exister sur la Terre Primitive.

Ce stage aura pour but de poursuivre les investigations relatives à la mise en évidence de nouveaux agents d’activation pour la formation d’oligopeptides. Notre objectif est d’identifier des agents d’activation ayant pu être disponibles en environnements prébiotiques, et permettant l’activation, via la formation d’une oxazolone, d’une fonction carboxylique d’un résidu en position C-terminale d’une chaîne peptidique, et de favoriser ainsi l’incorporation d’un acide aminé en position C-terminale.

Le stagiaire aura pour objectifs de tester différents agents d’activation potentiels, tels que le cyanate ou la cyanamide. Pour cela, il utilisera des modèles tels que l’acide succinique, et suivant les résultats obtenus, étendra son étude à des oligopeptides modèles. Le stagiaire devra utiliser différentes techniques analytiques (RMN, HPLC-MS, électrophorèse capillaire) pour la caractérisation des espèces moléculaires se formant lors des réactions étudiées. Il pourra être amené à synthétiser différents standards pour confirmer l’identification des produits formés. Il participera de plus aux réflexions relatives à la définition des différentes voies réactionnelles permettant d’expliquer la présence des espèces identifiées.

Lieu: Spectrométries et Dynamique Moléculaire, Physique des Interactions Ioniques et Moléculaires (UMR CNRS 6633 – Centre de St Jérôme, Université de Provence), Avenue Escadrille Normandie-Niémen, case courrier 252, 13397 Marseille Cedex 20, France.

Durée : Stage de cinq mois avec rémunération de 400 euros par mois.

Contact: Grégoire Danger   gregoire.danger at univ-provence.fr       Tel: +33 4.91.28.82.85

Collaboration: Dr Robert Pascal, équipe « Dynamique des Systèmes Moléculaires Complexes », Institut des Biomolécules Max Mousseron, Université Montpellier II.